O Ensino Fundamental, do 6º ao 9º ano, opera com turmas no turno matutino. O curso regular é ministrado em período semi-integral, com 4 dias da semana em meio período, e um dia em período integral. A carga horária do curso regular pode ser ampliada, por livre escolha da família, com atividades complementares eletivas.

A equipe de educadores é composta por coordenação pedagógica, orientação educacional, professores titulares, professores assistentes, auxiliares de apoio pedagógico e secretária. Os professores assistentes ministram aulas de recuperação paralela no contraturno.

A formação acadêmica privilegia o aperfeiçoamento contínuo das diversas linguagens, incluindo idiomas, artes, esportes e tecnologia; o avanço no desenvolvimento das habilidades de raciocínio lógico e analítico; a construção de hipóteses explicativas para os fenômenos do universo das ciências naturais, a compreensão da trajetória histórica e cultural da humanidade, como uma construção humana no tempo e espaço.

A formação pessoal privilegia a reflexão a respeito das grandes transformações de ordem pessoal, relacional e afetiva que ocorrem nessa fase. No campo da formação pessoal, recebem atenção especial aspectos relacionados ao desenvolvimento físico-corporal, socioemocional e grupal, favorecendo a reflexão e a intervenção planejada, com base nos princípios e valores da Educação de Santa Cruz.

A grade curricular é organizada em dois blocos: a Base Nacional Comum e a Parte Diversificada. A Base Nacional Comum contempla: Matemática; Linguagens (Língua Portuguesa, Arte, Música e Educação Física); área de Ciências da Natureza (Ciências da Natureza e introdução à Física no 9º ano) e Ciências Humanas (História e Geografia). A Parte Diversificada contempla: Língua Inglesa, Língua Espanhola, Redação, Educação Digital, Ensino Religioso, Formação Pessoal e Social e Eletivas Acadêmicas.

A metodologia visa dar protagonismo ao aluno no desenvolvimento das habilidades e competências almejadas, envolvendo diversas estratégias, especialmente o desenvolvimento de projetos voltados à resolução de problemas diversos e muitas atividades de sistematização dos conteúdos aprendidos, visando formar indivíduos com mente analítica e crítica, com base em materiais que incluem livros didáticos de editoras especializadas e atividades desenvolvidas pelos professores.

No 9º ano o aluno é assistido com um programa focado no autoconhecimento, auxiliando-o a fazer a escolha do Itinerário formativo que seguirá no Ensino Médio.